Штамм, который ВОЗ назвала греческой буквой «омикрон», чтобы не называть его неприличной буквой «ню» и пугающей буквой «кси» (созвучной в английском имени Xi Jinping [Си Цзиньпин. — Ред.]), имеет около 50 мутаций, из них 32 — в S-белке.
Скорее всего, это означает, что он возник у человека, который был болен ВИЧ.
Иммунитет у этого человека был слабый, вирус жил в нем месяцами, меняясь, но не умирая. В двух местах в этом мире вирусы эволюционируют всех быстрее: в чашке Петри и в организме, пораженном ВИЧ. Кстати, раньше таких возможностей для эволюции у вируса не было: люди с иммунным дефицитом просто быстро умирали, и вирус не эволюционировал. Спасая таким людям жизнь, мы организовываем эволюцию на стероидах.
32 мутации в S-белке — много это или мало?
Для сравнения: вот этот иммунноскомпрометированный пациент имел вирус в течение 101 дня, и у него накопилось 2 (две) мутации в S-белке. Юрий Дейгин, биопредприниматель и автор знаменитого «SARS нерукотворный?», говорит о еще неопубликованном случае, известному ему из личной коммуникации со Стюартом Нилом, когда за год в иммунодефицитном пациенте накопилось около 22 мутаций в S-белке. «Всего у SARS2 мы видим 10-12 мутаций в S-белке в год по популяции», — говорит Дейгин.При отсутствии точных данных их место занимают анекдотические свидетельства. Например: «из ЮАР прилетели два самолета, все пассажиры садились в него с отрицательным ПЦР-тестом, а по прилете 61 оказался болен». Это может свидетельствовать об исключительной заразности штамма. А может — о том, что в ЮАР ПЦР-тесты штампуют на пеньке за бабло.
Или: «Доктор Анжелика Кутзее, которая первой обратила внимание на «омикрон», говорит, что симптомы ее пациентов были «необычно мягкими». Это может быть следствием более легкого течения болезни. А может быть следствием того факта, что в ЮАР медианный возраст населения — 27,6 года, и в Европе или России, где полно стариков, «мягким» он не будет.
Или вот, например: «за последнюю неделю число зарегистрированных случаев ковида в ЮАР возросло в шесть раз, а госпитализации — в два».
А может, в ЮАР стали агрессивно тестировать население, потому что власти ЮАР, обнаружив «омикрон», тут же начали взывать к Западу. Их глава CERI (Центр ответа эпидемиям) тут же, не сходя с места, обратился к Илону Маску, Безосу, Гейтсу, Баффету, Мировому банку, USAid: «Помогите!»
Понятно, что при таком подходе не то что в шесть — в сто раз вырастет. То же самое касается роста госпитализаций в два раза при росте заражений в шесть. Что это? Доказательство «мягкости» вируса? Обычное запаздывание госпитализаций по сравнению с заражениями? Креативная статистика? Пойди скажи.
При отсутствии научных данных все вышеперечисленное — это анекдотические свидетельства вроде тех, которые любят российские пропагандоны-антиваксеры: «В одном доме престарелых в Норвегии после прививки Pfizer умерло 16 человек».
Есть и еще одна трогательная деталь. Филогенетическое дерево нового коронавируса показывает, что
распространение «омикрона» началось где-то в июне.
Конечно, филогенетика — дело тонкое, но странно, что катастрофа началась уже пару месяцев назад, но до заседания ВОЗ ее никто не заметил.
Как мы только что сказали, реальных серьезных данных об «омикроне» пока нет. К примеру, для того, чтобы понять, уходит «омикрон» из-под иммунного ответа или нет, надо взять «омикрон», или синтезировать его, или сделать химерный псевдовирус, а после этого добавить этот псевдовирус в сыворотку крови переболевших и/или привитых, и посмотреть, насколько хорошо она его нейтрализует. «Это надо прогнать сотни или тысячи сывороток и посмотреть, насколько они хорошо работают в реакции нейтрализации», — говорит вирусолог Екатерина Викторова из University of Maryland.
При отсутствии — пока — прямых данных следует напомнить несколько фундаментальных вещей.
Первое. Скорость мутаций РНК-вирусов, к которым относится SARS2, к сожалению, выше, чем скорость мутаций ДНК-вирусов. РНК-полимераза делает ошибку в одном случае на десять тысяч. «С учетом длины SARS2, получается две-три ошибки на одну транскрипцию», — говорит Екатерина Викторова.
Второе. Эволюционное давление работает так, что среди постоянно возникающих штаммов вируса будут побеждать те, которые быстрее размножаются. «Вирус совершенно разнообразными путями будет эволюционировать в сторону приспособленности к хозяину», — говорит молекулярный биолог Андрей Сарафанов, заведующий лабораторией в Food and Drug Administration (FDA).
Третье. Чтобы лучше размножаться, необязательно лучше убивать. Скорее наоборот. «В принципе вирусу, чтобы хорошо размножаться, убивать хозяина не надо», — напоминает Константин Чумаков, директор центра глобальной вирусологической сети и профессор университета Джорджа Вашингтона, — Идеально приспособленные к человеку вирусы, например, энтеровирусы, никакой болезни вообще не вызывают».
Поэтому вирус часто эволюционирует в сторону смягчения. Именно так, вероятно, кончилась испанка. Вирус стал более заразным, но менее летальным. Увы, как всегда в биологии, в этом правиле есть исключения. К примеру, есть основания полагать, что оспа до 1000-х гг. н.э. не была особенно смертельной болезнью. Она эволюционировала в сторону большей смертности.
И наконец, четвертое, самое важное. Если хорошо приспособленный к человеку вирус научается уходить от иммунного ответа, то, как правило, он при этом начинает хуже поражать рецепторы клеток. Если он уйдет от бабушки, его съест дедушка.
Поясним. У каждого вируса есть RBD, receptor-binding domain, или домен связывания рецептора, которым он цепляется к какому-то рецептору на поверхности клетки. У коронавируса — это часть белка шипа, которым он цепляется к ангиотензиновому рецептору ACE2. Так как ACE2 в принципе предназначен не для того, чтобы через него в клетку лазили вирусы, считайте, что RBD — это отмычка.
Эта отмычка, естественно, эволюционирует в ходе эпидемии. Она цепляет и заражает все лучше. Однако именно к этой отмычке организм и вырабатывает антитела. Или, если воспользоваться словами из статьи Евгения Кунина, «интерфейс между RBD S-белка и рецептора хозяина (ACE2) во многом перекрещивается с сайтами связывания наиболее сильных нейтрализующих антител, тем самым ограничивая возможности жизнеспособных мутаций».
Еще проще: вирус, чей RBD близок к оптимальному, находится между Сциллой и Харибдой. Если он поменяет свой RBD, он может уйти от иммунного ответа. Но, уйдя от иммунного ответа, он одновременно хуже станет заражать клетку. (Из этого правила тоже есть исключения, например, грипп, но ковид серьезным исключением не является.)
Классическим примером тут является вирус полиомиелита. У него есть всего три серотипа, и за все время, прошедшее с момента изобретения вакцины от полиомиелита, никаких новых серотипов, эффективно поражающих человеческую популяцию, не появилось. Почему? Ровно потому, что способов идеального связывания с рецептором у полиовируса всего три, — напоминает Константин Чумаков. Если вирус мутирует, уходя от иммунного ответа, то он одновременно начинает хуже заражать клетки.
То есть место для совершенствования у SARS2 есть, но предел совершенствованию есть тоже. И тут мы можем вспомнить две вещи.
Первая: SARS2 с самого начала очень эффективно (в 10–15 раз эффективнее SARS1) заражал человеческую популяцию, что, кстати, является одним из самых сильных аргументов в пользу лабораторной утечки.
Вторая. Из уже упомянутой августовской статьи Евгения Кунина следует, что существующие штаммы SARS2 от этой точки равновесия недалеки.
Теперь посмотрим на «омикрон».
При отсутствии прямых и единственно надежных данных об этих мутациях ученые все же могут позволить себе некоторые спекуляции. Как музыкант, который читает партитуру с листа, вирусологи уже могут прочесть геном и предположить, что, скорее всего, означает та или иная мутация.
Первое. «Омикрон», вероятно, быстрее распространяется. «Он содержит в себе практически все мутации, которые делали его предшественников более заразными, — говорит Чумаков, — и можно думать, что если их совместить в одном геноме, то получится супер-вариант», — говорит Константин Чумаков.
Второе. «Омикрон» обладает некоторым потенциалом ухода от иммунного ответа — опять-таки теоретически. Ученым это известно по двум причинам. Во-первых, они теоретически проводили такие расчеты (см. выше статью Кунина). Во-вторых, занимались gain of function — брали существующие штаммы, помещали их в плазму крови привитых, смотрели, какие мутации выживут, отбирали, и снова помещали. (Целесообразность таких экспериментов после Уханя мне лично представляется сомнительной, ну да мы не об этом.) Отобравшиеся таким образом варианты, к сожалению, имеют некоторое сходство с «омикроном».
«Омикрон, — констатирует Дейгин, — словно уже адаптирован к уходу от всех известных антител, вакцин и моноклональных антител. Все главные эпитопы, на которые мы пытаемся влиять, у него мутировали».
<…> Таким образом, действительно может возникнуть ситуация, при которой «омикрон» породит новую волну даже для тех, кто уже переболел. Но, как мы уже говорили, способность SARS2 уходить от иммунного ответа и при этом по-прежнему успешно заражать клетку небесконечна.
И, наконец, третье. В «омикроне» наблюдается делеция в гене NSP6, который кодирует белок, который ингибирует активацию интерферона. Делеция обычно приводит к тому, что ген перестает работать.
Если кто не понял, то по-простому: у этой новой мутации, скорее всего, сломан ген, который мешает нашему организму защищаться от коронавируса. «Это, разумеется, пока ничем не подтверждено, — говорит Константин Чумаков, — и я не готов поручиться за подобное предположение, но в качестве гипотезы, которую следует проверить, оно вполне годится».
Итак, мы имеем три параметра:
заразность,
уход от иммунного ответа,
тяжесть болезни.
Относительно первого мы можем осторожно предположить, что штамм более заразен.
Относительно второго мы можем с осторожным оптимизмом предположить, что нынешнее устройство S-белка достаточно близко к оптимальному, чтобы позволить «омикрону» уйти от иммунного ответа вовсе.
Ключевым параметром является третий.
Если «омикрон» будет быстрее распространяться и легче переноситься, то это — так, как кончаются эпидемии. Если надежды, возлагаемые на делецию в гене NSP6, не оправдаются, то мы останемся со штаммом несколько хуже «дельты».
И последнее. Эволюция вирусов — это обычная вещь. Человечество победило их огромное количество. Оно уничтожило с помощью прививок оспу. Оно практически уничтожило корь и паротит, полиомиелит и краснуху, и эти прививки дали нам избавление от вирусов навсегда.
Нам не говорили, что вот в Пакистане еще остались очаги полиомиелита, и вот сейчас зарегистрирован новый вариант, про него еще ничего неизвестно, но, возможно, он уйдет от иммунного ответа, поэтому давайте всех детей держать дома, пока они не перепривьются.
Но в ходе этой эпидемии происходит именно так. Во многом знании — много печали.
Как только мы научились в режиме реального времени секвенировать штаммы, это — вместо того чтобы превратиться в орудие научного познания мира — привело к бурному расцвету индустрии торговли страхом.
Возник чудовищный мутировавший гибрид между псевдонаучной журналистикой и недоучившимися вирусологами.
Стало политически правильным и идеологически корректным при возникновении каждого нового штамма обрушивать на читателя статьи, авторы которых, как правило, считают своей священной миссией как можно больше испугать лохов, которые в своем невежестве не хотят прививаться, соблюдать карантин и вообще удивляются, почему это от краснухи им пришлось прививаться раз и навсегда, а от ковида каждый новый штамм будет «чудовищным» и «смертельным».
Эти журналисты, псевдовирусологи и политики считают, что чем страшнее, тем лучше: авось так этого невежественного обывателя проймет.
На самом деле они делают только хуже. Обыватель, может быть, не знает слов «аффинность» и immune evasion, но он чувствует, что его водят за нос.
Ему продают в 15-й раз («омикрон» — 15-я буква греческого алфавита) сильно подержанный и бывший уже в употреблении ковидный апокалипсис. А потом эти торговцы страхом и кликбейтом удивляются, откуда берутся антиваксеры.
Человечество проходит эту эпидемию не так плохо.
Ученые в рекордный срок сделали потрясающие вакцины, превосходящие все, о чем человек мог только мечтать в начале ХХ века.
Ученые в рекордный срок сделали потрясающие лекарства.
Развитые страны впервые в истории человечества могли позволить себе локдауны.
«Если бы не все это, это была бы новая «испанка», — говорит Константин Чумаков. — Жертв было бы не 5 млн, а 50».
Нам есть чем гордиться, даже если мы сварили себе эту штуку в г. Ухань сами. У нас есть вакцина на «дельту», будет и на «омикрон». Но бесконечная череда ковидных апокалипсисов, от которых уже тошнит, превращает эти — великолепные — достижения вирусологии в инструмент промывания мозгов, а науку из единственного оправдания существования человечества превращает в кликбейт, кликушество и торговлю страхом.
P.S.
Южноафриканские эпидемиологи только что опубликовали первый препринт о росте заражаемости в ЮАР, из которого можно заключить, что «омикрон» не заразней «дельты», но несколько опасней, чем «дельта», для уже вакцинированных.
ADRIVER(С)
Исходя из того, что от этого омикрона никто не помер, но-таки переболевшие полчают антитела, надо вообще относиться к нему, как к гриппу и открыть все границы.Быстрее всех пере заразить и добиться 60 мировых процентов для отсановки пандемии.Только такоц вывод..Природа идет навстречу
