Химия и пища

[Олег]

У меня написано про потенциальный барьер реакции, а не организма. Не заметили?
Конкретно этот барьер и понижают энзимы. Способы разные, но в общем случае - это образование промежуточного соединения у которого нужная функциональная группа или разрываемая связь становится более доступной геометрически и/или энергетически (что и есть понижение потенциального барьера). После протекания целевой реакции энзим отделяется от промежуточное соединение и готов вступить в реакцию со следующей молекулой.

"Отрывают, переносят и присоединяют" - это тоже метафоры. И делают это не энзимы, а разные РНК. Впрочем, это не важно. Главное, что все это не делается целенаправленно, а происходит по обычным химическим законам, то есть хаотически.

Ваша метафора - "барьер" - фактически осталась не объясненной. Вы просто перешли на мои метафоры (разрывают, отделяют, транспортируют, соединяют и т.д.), что вполне объяснимо, поскольку именно эти процессы и происходят в ходе химических реакций.
Если Вы все же хотите пояснить свою метафору "барьер", то в деталях изложите, что такое "связь", "доступная энергетически", и чем она отличается от "разрываемой связи"?

Про потенциальный барьер вы можете почитать тут: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BE%D1%82%D0%B5%D0%BD%D1%86%D0%B8%D0%B0%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D1%8B%D0%B9_%D0%B1%D0%B0%D1%80%D1%8C%D0%B5%D1%80

[Сергей Заикин]

Вам это только кажется. На самом деле организованности в росте организма не больше, чем в росте снежинки. То есть нет вовсе. Есть химические законы.

В организме не строятся снежинки. В нем строятся белки, а белки выполняют миллионы различных функций, в том числе по строительству других молекул.
Снежинки же состоят из одинаковых молекул воды, в части состава это примитивное соединение молекул. А в организме миллионы различных соединений. Для их построения нужны специальные строители и специальные технологии. Их функцию выполняют белки. А РНК всего лишь транспортирует информация из ДНК в клетку для построения белков.

[Сергей Заикин]

Про потенциальный барьер вы можете почитать тут:

Вопрос был другой:
изложите, что такое "связь", "доступная энергетически", и чем она отличается от "разрываемой связи"?

[Николай Григорьевич Зуб]

делая такой заголовок "Химия и пища".

Перейдите по ссыке в статье.

[Олег]

Про потенциальный барьер вы можете почитать тут:

Вопрос был другой:
изложите, что такое "связь", "доступная энергетически", и чем она отличается от "разрываемой связи"?

Доступная энергетически означает, что вследствие максвелловского распределения по энергиям, у некоторых молекул это энергии достаточно для преодоления  потенциального барьера.


В органической химии большинство реакций происходит вследствие обмена функциональными группами. То есть группа должна оторваться от одной молекулы и присоединиться к тому месту, второй молекулы, где оторвалась другая группа. Чаще такими группами являются [H] и [OH]. То есть сначала происходит диссоциация молекулы (например, аминокислоты), которая описывается константами диссоциации или константами нестойкости для процессов отличных от диссоциации.

[Сергей Заикин]

Роль фермента/энзима/катализатора - понизить потенциальный барьер реакции.

у некоторых молекул это энергии достаточно для преодоления  потенциального барьера

Вопрос был другой:
изложите, что такое связь, доступная энергетически, и чем она отличается от "разрываемой связи"?
Разрывание связи, упомянутое Вами,  это понятно - это преодоление сил связи разрывающими силами. А что такое понижение потенциального барьера - непонятно.
Что по-вашему делают ферменты - понижают энергию связи в разрываемой молекуле?
- или повышают разрывающее усилие?
Кстати, разрываемая связь  - между чем  и чем?

[Олег]

Роль фермента/энзима/катализатора - понизить потенциальный барьер реакции.

у некоторых молекул это энергии достаточно для преодоления  потенциального барьера

Вопрос был другой:
изложите, что такое связь, доступная энергетически, и чем она отличается от "разрываемой связи"?
Разрывание связи, упомянутое Вами,  это понятно - это преодоление сил связи разрывающими силами. А что такое понижение потенциального барьера - непонятно.
Что по-вашему делают ферменты - понижают энергию связи в разрываемой молекуле?
- или повышают разрывающее усилие?
Кстати, разрываемая связь  - между чем  и чем?

Я вам ответил, что я понимаю под энергетически доступной связью. Что вам из моего ответа непонятно? Вы не знаете что такое потенциальный барьер?


Еще раз. Ферменты понижают потенциальный барьер, то есть энергию, необходимую для перехода из одного состояние в другое. От высоты потенциального барьера зависит скорость прямой и обратной реакции. Если барьера нет, то эти скорости бесконечны при любой температуре. Если барьер есть, то эти скорости (и общая скорость реакции) зависят от температуры.


Все связи в молекуле между "атомами" из которых состоят молекулы. Кавычки означают, что это не те атомы, которые не входят в состав молекулы, то есть имеют другие свойства, так как частично соединены с другими "атомами" других молекул.

[Сергей Заикин]

Я вам ответил, что я понимаю под энергетически доступной связью. Что вам из моего ответа непонятно? Вы не знаете что такое потенциальный барьер?

Потенциальный барьер это метафора (об этом мы уже договорились).
Как показывают Ваши попытки объяснить эту метафору, Ваша метафора не работает, либо Вы толком не знаете как она работает.


На рисунке 20-9 в книге "Физика белка" http://phys.protres.ru/lectures/protein_physics/l20.html   
показано пошаговая технология отделения ферментом части молекулы. Никаких барьеров в ней нет, просто захватывается вся молекула, отрезается ее часть, удаляется из захвата, затем разрезаемая молекула выводится из белка.


В текстовой версии этой книге показано, как работают мышцы. Там белок имеет три отростка - один прикреплен к ните мышцы, а два других "шагают" по стенке мышечного волокна. Эти отростки сближаются и расходятся и как бы бегут по противоположной мышце, сокращая или удлиняя ее.
Приведенные два примера свидетельствуют, что белки действительно выполняют разные функции, в том числе чисто механические - отрезают, шагают, транспортируют и т.д.


Надеюсь понятно, что отрезание молекулы может быть только индивидуальным, управляемым, а не хаотическим.

[Олег]

Я вам ответил, что я понимаю под энергетически доступной связью. Что вам из моего ответа непонятно? Вы не знаете что такое потенциальный барьер?

Потенциальный барьер это метафора (об этом мы уже договорились).
Как показывают Ваши попытки объяснить эту метафору, Ваша метафора не работает, либо Вы толком не знаете как она работает.

На рисунке 20-9 в книге "Физика белка" http://phys.protres.ru/lectures/protein_physics/l20.html   
показано пошаговая технология отделения ферментом части молекулы. Никаких барьеров в ней нет, просто захватывается вся молекула, отрезается ее часть, удаляется из захвата, затем разрезаемая молекула выводится из белка.

В текстовой версии этой книге показано, как работают мышцы. Там белок имеет три отростка - один прикреплен к ните мышцы, а два других "шагают" по стенке мышечного волокна. Эти отростки сближаются и расходятся и как бы бегут по противоположной мышце, сокращая или удлиняя ее.
Приведенные два примера свидетельствуют, что белки действительно выполняют разные функции, в том числе чисто механические - отрезают, шагают, транспортируют и т.д.

Надеюсь понятно, что отрезание молекулы может быть только индивидуальным, управляемым, а не хаотическим.

1. Потенциальный барьер не метафора, а суровая реальность быта химиков.

2. А вот то, что вы прочитали - это абсолютно условные представления, которые введены для наглядности и для удобства понимания и пользования. Точнее - это следующий уровень абстракции, такая же, как и мышца на следующем уровне абстракции.

Любая наука имеет по нескольку уровней абстракции, смешивать которые категорически противопоказано, чтобы не искать ветер между молекулами.

Вы же хотите спуститься на уровень абстракций ниже молекул (к электронным оболочкам), но рассуждать о них двумя уровнями выше - на уровне клеток.

[Сергей Заикин]

1. Потенциальный барьер не метафора, а суровая реальность быта химиков.

2. А вот то, что вы прочитали - это абсолютно условные представления, которые введены для наглядности и для удобства понимания и пользования. Точнее - это следующий уровень абстракции

Согласен, потенциальный барьер это даже не метафора, а просто выдуманная сущность. Такая же как орбитали, плотности вероятности, сродства и прочие положения ad hoc, придуманные химиками и физиками.
А представления, предложенные институтом "Физика белка", это проверенные данные о процессах, происходящих с помощью ферментов.
И соотносятся модели процессов вовсе не как разные уровни абстракции, а как верные (предложенные институтом белка) и ошибочные  знания о процессах в живом организме.

[Олег]

1. Потенциальный барьер не метафора, а суровая реальность быта химиков.

2. А вот то, что вы прочитали - это абсолютно условные представления, которые введены для наглядности и для удобства понимания и пользования. Точнее - это следующий уровень абстракции

Согласен, потенциальный барьер это даже не метафора, а просто выдуманная сущность. Такая же как орбитали, плотности вероятности, сродства и прочие положения ad hoc, придуманные химиками и физиками.
А представления, предложенные институтом "Физика белка", это проверенные данные о процессах, происходящих с помощью ферментов.
И соотносятся модели процессов вовсе не как разные уровни абстракции, а как верные (предложенные институтом белка) и ошибочные  знания о процессах в живом организме.

Это уже просто смешно - сталкивать лбами биологов и физиков. :)
Не столкнутся. Они-то лучше вас понимают используемые уровни абстракций.

[Сергей Заикин]

Это уже просто смешно - сталкивать лбами биологов и физиков. :)
Не столкнутся. Они-то лучше вас понимают используемые уровни абстракций.

Автор книги "Физика белка" - Филькенштейн Алексей Витальевич, доктор физико-математических наук, член-корр РАН, зав. лаб. "Физика белка" института "Белка" РАН, профессор МГУ.
Никого я не сталкиваю, все столкновения физиков, химиков, биохимиков, биологов уже произошли, они выдали выверенный результирующий научный труд по теории белков.
Ваш "потенциальный барьер" концептуально выпадает из этой проверенной теории белков, однако я не собираюсь Вас убеждать в чем-то, просто примете это к сведению.

[Олег]

Это уже просто смешно - сталкивать лбами биологов и физиков. :)
Не столкнутся. Они-то лучше вас понимают используемые уровни абстракций.

Автор книги "Физика белка" - Филькенштейн Алексей Витальевич, доктор физико-математических наук, член-корр РАН, зав. лаб. "Физика белка" института "Белка" РАН, профессор МГУ.
Никого я не сталкиваю, все столкновения физиков, химиков, биохимиков, биологов уже произошли, они выдали выверенный результирующий научный труд по теории белков.
Ваш "потенциальный барьер" концептуально выпадает из этой проверенной теории белков, однако я не собираюсь Вас убеждать в чем-то, просто примете это к сведению.

Заикин, вы даже не понимаете о чем говорите. :(
Думаете я спорю с Филькенштейном? Ничего подобного, с ним я во всем согласен, а спорю с вашей дилетантской упертостью.

[Сергей Заикин]

Заикин, вы даже не понимаете о чем говорите. :(
Думаете я спорю с Филькенштейном? Ничего подобного, с ним я во всем согласен, а спорю с вашей дилетантской упертостью.

Если Вы согласны с Филькенштейном, то должны согласиться и со мной. Мой ответ #10 https://discuss-science.ru/index.php?topic=160.msg2356#msg2356  полностью основан на его работе.
Энзимы являются инструментом, поскольку они отрывают, переносят, присоединяют другие молекулы или их части.
У Филькенштейна несколько другими словами, но тоже белки выполняют функции и служат "инструментом" или станком, трансформирующим другие молекулы:


Очень грубо, общую схему функционирования белка можно представить в следующем виде:
                                 СВЯЗАТЬ ® ТРАНСФОРМИРОВАТЬ ® ОТПУСТИТЬ

[Олег]

Заикин, вы даже не понимаете о чем говорите. :(
Думаете я спорю с Филькенштейном? Ничего подобного, с ним я во всем согласен, а спорю с вашей дилетантской упертостью.

Если Вы согласны с Филькенштейном, то должны согласиться и со мной. Мой ответ #10 https://discuss-science.ru/index.php?topic=160.msg2356#msg2356  полностью основан на его работе.
Энзимы являются инструментом, поскольку они отрывают, переносят, присоединяют другие молекулы или их части.
У Филькенштейна несколько другими словами, но тоже белки выполняют функции и служат "инструментом" или станком, трансформирующим другие молекулы:


Очень грубо, общую схему функционирования белка можно представить в следующем виде:
                                 СВЯЗАТЬ ® ТРАНСФОРМИРОВАТЬ ® ОТПУСТИТЬ

Я вам уже приблизительно описал как все это происходит. Но вы продолжаете искать чертей, ссылаясь на то, что профессор чертыхнулся.
Филькенштейн всего лишь выражается образно, как и я, когда говорю, что молекулы стукаются друг об друга.
На самом деле "отрывают" означает, что селективно понижают потенциальный барьер в определенном месте таргетной молекулы и присоединяются к ее фрагменту. Переносят, значит, что потенциальный барьер присоединенной части возрастает, то есть эта часть защищается от реакций с другими молекулами раствора до тех пор, пока рядом не случится молекула которая имеет такую конформацию к молекулярному комплексу того самого фрагмента с тем самым белком, что потенциальный барьер опять понижается и фрагмент связывается с этой молекулой.


Чувствуете, как сложно и путано все получается? А если писать: отрезает, транспортирует и присоединяет, то всё просто, как блинчик. Хоть и неправильно.