Никто не знает насколько секретные получились результаты работы. Опубликуешь, заплатишь за статью немалые деньги, а потом к тебе придут товарищи из органов и скажут, что ты разгласил великую тайну опубликовавшись в журнале Scopus Q1 за $3000, как того требовали условия гранта РНФ!
Сами "результаты работы" не имеют такой характеристики, как секретность. Секретным может быть применение научной разработки.
Поэтому разработчикам проекта, видя, что их разработка имеет возможность применения в закрытой тематике в России, имеет смысл самим обратиться в соответствующие органы и предложить им свою разработку.
А в РНФ на основании возможной полезности разработки для эксклюзивных нужд РФ и недопустимости публикации за рубежом (или вообще публикации) оспорить условия гранта.
Такой подход позволит не только освободиться от необходимости платежей и сдачи ценных разработок в зарубежные журналы, но еще и получить доход от российских получателей результатов Вашей разработки.